如果甲方扣押了乙方的工资，乙方可以采取以下步骤维护自己的合法权益：
一、查看劳动合同和相关规定
乙方应仔细查看劳动合同和公司相关规章制度，了解是否有扣工资的合法依据。如果扣工资没有法律或合同依据，乙方可向劳动监察部门或法院投诉。
二、保留证据
乙方应保留扣工资通知、工资条等证据，以证明甲方扣工资的事实。还可收集其他相关证据，如同事或领导的证词，以证明扣工资不合理。
三、先协商沟通
乙方可以先尝试与甲方协商沟通，说明扣工资不合理，要求甲方撤销扣工资决定。如果协商沟通无效，乙方可考虑以下手段：
(1) 劳动仲裁
乙方可以向当地劳动仲裁部门申请仲裁。仲裁程序通常比较简单快捷，且胜诉后可以申请强制执行。
(2) 诉讼
如果劳动仲裁失败，乙方还可以向法院提起诉讼。诉讼程序相对复杂，但胜诉后强制执行的可能性更大。
四、其他途径
除了上述途径之外，乙方还可以通过以下方式：
(1) 向工会反映
如果乙方所在公司有工会，可以向工会反映情况，寻求工会的帮助和支持。
(2) 举报违法行为
如果甲方扣工资的行为涉嫌违法，乙方还可以向当地劳动监察部门或检察机关举报。
需要注意的是，在采取任何行动之前，乙方应咨询专业律师，以获得专业的法律意见。
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